知网查重工具中将引用部分标记为绿色的原因主要是为了突出文献中引用的部分，方便用户快速识别文中的引用内容。绿色标记的引用部分可以帮助用户更加直观地了解文献的信息来源，同时也有助于查重时排除引用部分的干扰，提高查重的准确性。

在知网查重工具中，将引用部分标记为绿色是为了让用户清晰地区分原创内容和引用内容，从而方便用户进行学术论文的查重工作。绿色标记引用部分的设计能够有效提升用户体验，帮助用户更加高效地完成论文查重任务，保证学术研究的严谨性和准确性。